Pitkäaikaissairaille järjestetään myös kuntoutusta ja sopeutumisvalmennuskursseja IBD-potilaiden kuntoutuskursseja järjestetään pääasiallisesti Kaisankodissa Espoossa (Kelan kurssi) sekä kuntoutuskeskuksissa eri puolilla maata (CC järjestää RAY:n tuella).
Kurssit ovat kuntoutujille maksuttomia. Kuntoutukseen voi hakea myös esimerkiksi vaikeiden liitännäisoireiden tai muiden sairauksien takia. Saman sairauden takia ei sopeutumisvalmennus- tai kuntoutuskurssille pääsääntöisesti pääse toiseen kertaan, ellei sairaudessa ole tapahtunut merkittävää muutosta. Kela maksaa kuntoutusrahaa, kun kuntoutuksen tavoitteena on kuntoutujan työelämässä pysyminen, työelämään palaaminen tai sinne tulo. Siihen on oikeus Suomessa vakuutetulla, 16-67-vuotiaalla henkilöllä, joka on kuntoutuksen vuoksi estynyt tekemästä omaa tai toisen työtä. Kuntoutusrahan myöntäminen edellyttää lisäksi, että kuntoutujalla on Kelan tai muun kuntoutuksen järjestäjän tekemä kuntoutuspäätös kuntoutuksen kustantamisesta.
Ammatillinen kuntoutus edistää työhön paluuta tai työssä suoriutumista. Se on työeläkejärjestelmässä keskeisin kuntoutuksen muoto. Kuntoutukseen pääsy edellyttää yleensä pitkää sairauslomaa tai merkittäviä hankaluuksia selvitä työssä. Ammatillisen kuntoutuksen tarkoituksena on parantaa tai ylläpitää kuntoutujan työkykyä ja ansiomahdollisuuksia. Kuntoutus pyritään aloittamaan mahdollisimman varhain. Kuntoutuksen mahdollisuudet selvitetään ennen työkyvyttömyyseläkepäätöstä. Ammatillista kuntoutusta järjestävät esimerkiksi työvoimaviranomaiset, Kela sekä työeläkevakuutus. Kuntoutuksen aikaisen toimeentuloturvan suuruus ja ehdot vaihtelevat.
(Päivitetty 12.5.2009)